# Import the wrap function. from NL.CommonConcepts.Configurations.Utilities import wrap # ------------------------------------------------------------- # Bulk configuration # ------------------------------------------------------------- # Set up lattice and scale with a factor 1.1 vector_a = [14.2806*1.1, 0.0, 0.0]*Angstrom vector_b = [0.0, 12.9933*1.1, 0.0]*Angstrom vector_c = [0.0, 0.0, 16.4898165084*1.1]*Angstrom lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c) # Define elements elements = [Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Aluminium, Oxygen, Oxygen, Oxygen] # Define coordinates fractional_coordinates = [[ 0.217706668333, 0.06450667 , 0.0067733325 ], [ 0.551040001667, 0.06450667 , 0.0067733325 ], [ 0.884373335 , 0.06450667 , 0.0067733325 ], [ 0.115626668333, 0.56450667 , 0.0067733325 ], [ 0.448960001667, 0.56450667 , 0.0067733325 ], [ 0.782293335 , 0.56450667 , 0.0067733325 ], [ 0.05104 , 0.39784 , 0.07656 ], [ 0.384373333333, 0.39784 , 0.07656 ], [ 0.717706666667, 0.39784 , 0.07656 ], [ 0.282293333333, 0.89784 , 0.07656 ], [ 0.615626666667, 0.89784 , 0.07656 ], [ 0.94896 , 0.89784 , 0.07656 ], [ 0.064586668333, 0.06450667 , 0.0833333325 ], [ 0.397920001667, 0.06450667 , 0.0833333325 ], [ 0.731253335 , 0.06450667 , 0.0833333325 ], [ 0.166666668333, 0.16666667 , 0.0833333325 ], [ 0.500000001667, 0.16666667 , 0.0833333325 ], [ 0.833333335 , 0.16666667 , 0.0833333325 ], [ 0.166666668333, 0.46234667 , 0.0833333325 ], [ 0.500000001667, 0.46234667 , 0.0833333325 ], [ 0.833333335 , 0.46234667 , 0.0833333325 ], [ 0.268746668333, 0.56450667 , 0.0833333325 ], [ 0.602080001667, 0.56450667 , 0.0833333325 ], [ 0.935413335 , 0.56450667 , 0.0833333325 ], [ 0.166666668333, 0.66666667 , 0.0833333325 ], [ 0.500000001667, 0.66666667 , 0.0833333325 ], [ 0.833333335 , 0.66666667 , 0.0833333325 ], [ 0.166666668333, 0.96234667 , 0.0833333325 ], [ 0.500000001667, 0.96234667 , 0.0833333325 ], [ 0.833333335 , 0.96234667 , 0.0833333325 ], [ 0.282293331667, 0.23117333 , 0.0901066675 ], [ 0.615626665 , 0.23117333 , 0.0901066675 ], [ 0.948959998333, 0.23117333 , 0.0901066675 ], [ 0.051039998333, 0.73117333 , 0.0901066675 ], [ 0.384373331667, 0.73117333 , 0.0901066675 ], [ 0.717706665 , 0.73117333 , 0.0901066675 ], [ 0.217706668333, 0.06450667 , 0.1598933325 ], [ 0.551040001667, 0.06450667 , 0.1598933325 ], [ 0.884373335 , 0.06450667 , 0.1598933325 ], [ 0.115626668333, 0.56450667 , 0.1598933325 ], [ 0.448960001667, 0.56450667 , 0.1598933325 ], [ 0.782293335 , 0.56450667 , 0.1598933325 ], [-0.000000001667, 0.12901333 , 0.1666666675 ], [ 0.333333331667, 0.12901333 , 0.1666666675 ], [ 0.666666665 , 0.12901333 , 0.1666666675 ], [ 0.102079998333, 0.23117333 , 0.1666666675 ], [ 0.435413331667, 0.23117333 , 0.1666666675 ], [ 0.768746665 , 0.23117333 , 0.1666666675 ], [-0.000000001667, 0.33333333 , 0.1666666675 ], [ 0.333333331667, 0.33333333 , 0.1666666675 ], [ 0.666666665 , 0.33333333 , 0.1666666675 ], [-0.000000001667, 0.62901333 , 0.1666666675 ], [ 0.333333331667, 0.62901333 , 0.1666666675 ], [ 0.666666665 , 0.62901333 , 0.1666666675 ], [ 0.231253331667, 0.73117333 , 0.1666666675 ], [ 0.564586665 , 0.73117333 , 0.1666666675 ], [ 0.897919998333, 0.73117333 , 0.1666666675 ], [-0.000000001667, 0.83333333 , 0.1666666675 ], [ 0.333333331667, 0.83333333 , 0.1666666675 ], [ 0.666666665 , 0.83333333 , 0.1666666675 ], [ 0.217706666667, 0.39784 , 0.17344 ], [ 0.55104 , 0.39784 , 0.17344 ], [ 0.884373333333, 0.39784 , 0.17344 ], [ 0.115626666667, 0.89784 , 0.17344 ], [ 0.44896 , 0.89784 , 0.17344 ], [ 0.782293333333, 0.89784 , 0.17344 ], [ 0.282293331667, 0.23117333 , 0.2432266675 ], [ 0.615626665 , 0.23117333 , 0.2432266675 ], [ 0.948959998333, 0.23117333 , 0.2432266675 ], [ 0.051039998333, 0.73117333 , 0.2432266675 ], [ 0.384373331667, 0.73117333 , 0.2432266675 ], [ 0.717706665 , 0.73117333 , 0.2432266675 ], [ 0.166666666667, 0. , 0.25 ], [ 0.5 , 0. , 0.25 ], [ 0.833333333333, 0. , 0.25 ], [ 0.166666666667, 0.29568 , 0.25 ], [ 0.5 , 0.29568 , 0.25 ], [ 0.833333333333, 0.29568 , 0.25 ], [ 0.064586666667, 0.39784 , 0.25 ], [ 0.39792 , 0.39784 , 0.25 ], [ 0.731253333333, 0.39784 , 0.25 ], [ 0.166666666667, 0.5 , 0.25 ], [ 0.5 , 0.5 , 0.25 ], [ 0.833333333333, 0.5 , 0.25 ], [ 0.166666666667, 0.79568 , 0.25 ], [ 0.5 , 0.79568 , 0.25 ], [ 0.833333333333, 0.79568 , 0.25 ], [ 0.268746666667, 0.89784 , 0.25 ], [ 0.60208 , 0.89784 , 0.25 ], [ 0.935413333333, 0.89784 , 0.25 ], [ 0.051040001667, 0.06450667 , 0.2567733325 ], [ 0.384373335 , 0.06450667 , 0.2567733325 ], [ 0.717706668333, 0.06450667 , 0.2567733325 ], [ 0.282293335 , 0.56450667 , 0.2567733325 ], [ 0.615626668333, 0.56450667 , 0.2567733325 ], [ 0.948960001667, 0.56450667 , 0.2567733325 ], [ 0.217706666667, 0.39784 , 0.32656 ], [ 0.55104 , 0.39784 , 0.32656 ], [ 0.884373333333, 0.39784 , 0.32656 ], [ 0.115626666667, 0.89784 , 0.32656 ], [ 0.44896 , 0.89784 , 0.32656 ], [ 0.782293333333, 0.89784 , 0.32656 ], [ 0.231253335 , 0.06450667 , 0.3333333325 ], [ 0.564586668333, 0.06450667 , 0.3333333325 ], [ 0.897920001667, 0.06450667 , 0.3333333325 ], [ 0.000000001667, 0.16666667 , 0.3333333325 ], [ 0.333333335 , 0.16666667 , 0.3333333325 ], [ 0.666666668333, 0.16666667 , 0.3333333325 ], [ 0.000000001667, 0.46234667 , 0.3333333325 ], [ 0.333333335 , 0.46234667 , 0.3333333325 ], [ 0.666666668333, 0.46234667 , 0.3333333325 ], [ 0.102080001667, 0.56450667 , 0.3333333325 ], [ 0.435413335 , 0.56450667 , 0.3333333325 ], [ 0.768746668333, 0.56450667 , 0.3333333325 ], [ 0.000000001667, 0.66666667 , 0.3333333325 ], [ 0.333333335 , 0.66666667 , 0.3333333325 ], [ 0.666666668333, 0.66666667 , 0.3333333325 ], [ 0.000000001667, 0.96234667 , 0.3333333325 ], [ 0.333333335 , 0.96234667 , 0.3333333325 ], [ 0.666666668333, 0.96234667 , 0.3333333325 ], [ 0.115626665 , 0.23117333 , 0.3401066675 ], [ 0.448959998333, 0.23117333 , 0.3401066675 ], [ 0.782293331667, 0.23117333 , 0.3401066675 ], [ 0.217706665 , 0.73117333 , 0.3401066675 ], [ 0.551039998333, 0.73117333 , 0.3401066675 ], [ 0.884373331667, 0.73117333 , 0.3401066675 ], [ 0.051040001667, 0.06450667 , 0.4098933325 ], [ 0.384373335 , 0.06450667 , 0.4098933325 ], [ 0.717706668333, 0.06450667 , 0.4098933325 ], [ 0.282293335 , 0.56450667 , 0.4098933325 ], [ 0.615626668333, 0.56450667 , 0.4098933325 ], [ 0.948960001667, 0.56450667 , 0.4098933325 ], [ 0.166666665 , 0.12901333 , 0.4166666675 ], [ 0.499999998333, 0.12901333 , 0.4166666675 ], [ 0.833333331667, 0.12901333 , 0.4166666675 ], [ 0.268746665 , 0.23117333 , 0.4166666675 ], [ 0.602079998333, 0.23117333 , 0.4166666675 ], [ 0.935413331667, 0.23117333 , 0.4166666675 ], [ 0.166666665 , 0.33333333 , 0.4166666675 ], [ 0.499999998333, 0.33333333 , 0.4166666675 ], [ 0.833333331667, 0.33333333 , 0.4166666675 ], [ 0.166666665 , 0.62901333 , 0.4166666675 ], [ 0.499999998333, 0.62901333 , 0.4166666675 ], [ 0.833333331667, 0.62901333 , 0.4166666675 ], [ 0.064586665 , 0.73117333 , 0.4166666675 ], [ 0.397919998333, 0.73117333 , 0.4166666675 ], [ 0.731253331667, 0.73117333 , 0.4166666675 ], [ 0.166666665 , 0.83333333 , 0.4166666675 ], [ 0.499999998333, 0.83333333 , 0.4166666675 ], [ 0.833333331667, 0.83333333 , 0.4166666675 ], [ 0.05104 , 0.39784 , 0.42344 ], [ 0.384373333333, 0.39784 , 0.42344 ], [ 0.717706666667, 0.39784 , 0.42344 ], [ 0.282293333333, 0.89784 , 0.42344 ], [ 0.615626666667, 0.89784 , 0.42344 ], [ 0.94896 , 0.89784 , 0.42344 ], [ 0.115626665 , 0.23117333 , 0.4932266675 ], [ 0.448959998333, 0.23117333 , 0.4932266675 ], [ 0.782293331667, 0.23117333 , 0.4932266675 ], [ 0.217706665 , 0.73117333 , 0.4932266675 ], [ 0.551039998333, 0.73117333 , 0.4932266675 ], [ 0.884373331667, 0.73117333 , 0.4932266675 ], [ 0. , 0. , 0.5 ], [ 0.333333333333, 0. , 0.5 ], [ 0.666666666667, 0. , 0.5 ], [ 0. , 0.29568 , 0.5 ], [ 0.333333333333, 0.29568 , 0.5 ], [ 0.666666666667, 0.29568 , 0.5 ], [ 0.231253333333, 0.39784 , 0.5 ], [ 0.564586666667, 0.39784 , 0.5 ], [ 0.89792 , 0.39784 , 0.5 ], [ 0. , 0.5 , 0.5 ], [ 0.333333333333, 0.5 , 0.5 ], [ 0.666666666667, 0.5 , 0.5 ], [ 0. , 0.79568 , 0.5 ], [ 0.333333333333, 0.79568 , 0.5 ], [ 0.666666666667, 0.79568 , 0.5 ], [ 0.10208 , 0.89784 , 0.5 ], [ 0.435413333333, 0.89784 , 0.5 ], [ 0.768746666667, 0.89784 , 0.5 ], [ 0.217706668333, 0.06450667 , 0.5067733325 ], [ 0.551040001667, 0.06450667 , 0.5067733325 ], [ 0.884373335 , 0.06450667 , 0.5067733325 ], [ 0.115626668333, 0.56450667 , 0.5067733325 ], [ 0.448960001667, 0.56450667 , 0.5067733325 ], [ 0.782293335 , 0.56450667 , 0.5067733325 ], [ 0.05104 , 0.39784 , 0.57656 ], [ 0.384373333333, 0.39784 , 0.57656 ], [ 0.717706666667, 0.39784 , 0.57656 ], [ 0.282293333333, 0.89784 , 0.57656 ], [ 0.615626666667, 0.89784 , 0.57656 ], [ 0.94896 , 0.89784 , 0.57656 ], [ 0.064586668333, 0.06450667 , 0.5833333325 ], [ 0.397920001667, 0.06450667 , 0.5833333325 ], [ 0.731253335 , 0.06450667 , 0.5833333325 ], [ 0.166666668333, 0.16666667 , 0.5833333325 ], [ 0.500000001667, 0.16666667 , 0.5833333325 ], [ 0.833333335 , 0.16666667 , 0.5833333325 ], [ 0.166666668333, 0.46234667 , 0.5833333325 ], [ 0.500000001667, 0.46234667 , 0.5833333325 ], [ 0.833333335 , 0.46234667 , 0.5833333325 ], [ 0.268746668333, 0.56450667 , 0.5833333325 ], [ 0.602080001667, 0.56450667 , 0.5833333325 ], [ 0.935413335 , 0.56450667 , 0.5833333325 ], [ 0.166666668333, 0.66666667 , 0.5833333325 ], [ 0.500000001667, 0.66666667 , 0.5833333325 ], [ 0.833333335 , 0.66666667 , 0.5833333325 ], [ 0.166666668333, 0.96234667 , 0.5833333325 ], [ 0.500000001667, 0.96234667 , 0.5833333325 ], [ 0.833333335 , 0.96234667 , 0.5833333325 ], [ 0.282293331667, 0.23117333 , 0.5901066675 ], [ 0.615626665 , 0.23117333 , 0.5901066675 ], [ 0.948959998333, 0.23117333 , 0.5901066675 ], [ 0.051039998333, 0.73117333 , 0.5901066675 ], [ 0.384373331667, 0.73117333 , 0.5901066675 ], [ 0.717706665 , 0.73117333 , 0.5901066675 ], [ 0.217706668333, 0.06450667 , 0.6598933325 ], [ 0.551040001667, 0.06450667 , 0.6598933325 ], [ 0.884373335 , 0.06450667 , 0.6598933325 ], [ 0.115626668333, 0.56450667 , 0.6598933325 ], [ 0.448960001667, 0.56450667 , 0.6598933325 ], [ 0.782293335 , 0.56450667 , 0.6598933325 ], [-0.000000001667, 0.12901333 , 0.6666666675 ], [ 0.333333331667, 0.12901333 , 0.6666666675 ], [ 0.666666665 , 0.12901333 , 0.6666666675 ], [ 0.102079998333, 0.23117333 , 0.6666666675 ], [ 0.435413331667, 0.23117333 , 0.6666666675 ], [ 0.768746665 , 0.23117333 , 0.6666666675 ], [-0.000000001667, 0.33333333 , 0.6666666675 ], [ 0.333333331667, 0.33333333 , 0.6666666675 ], [ 0.666666665 , 0.33333333 , 0.6666666675 ], [-0.000000001667, 0.62901333 , 0.6666666675 ], [ 0.333333331667, 0.62901333 , 0.6666666675 ], [ 0.666666665 , 0.62901333 , 0.6666666675 ], [ 0.231253331667, 0.73117333 , 0.6666666675 ], [ 0.564586665 , 0.73117333 , 0.6666666675 ], [ 0.897919998333, 0.73117333 , 0.6666666675 ], [-0.000000001667, 0.83333333 , 0.6666666675 ], [ 0.333333331667, 0.83333333 , 0.6666666675 ], [ 0.666666665 , 0.83333333 , 0.6666666675 ], [ 0.217706666667, 0.39784 , 0.67344 ], [ 0.55104 , 0.39784 , 0.67344 ], [ 0.884373333333, 0.39784 , 0.67344 ], [ 0.115626666667, 0.89784 , 0.67344 ], [ 0.44896 , 0.89784 , 0.67344 ], [ 0.782293333333, 0.89784 , 0.67344 ], [ 0.282293331667, 0.23117333 , 0.7432266675 ], [ 0.615626665 , 0.23117333 , 0.7432266675 ], [ 0.948959998333, 0.23117333 , 0.7432266675 ], [ 0.051039998333, 0.73117333 , 0.7432266675 ], [ 0.384373331667, 0.73117333 , 0.7432266675 ], [ 0.717706665 , 0.73117333 , 0.7432266675 ], [ 0.166666666667, 0. , 0.75 ], [ 0.5 , 0. , 0.75 ], [ 0.833333333333, 0. , 0.75 ], [ 0.166666666667, 0.29568 , 0.75 ], [ 0.5 , 0.29568 , 0.75 ], [ 0.833333333333, 0.29568 , 0.75 ], [ 0.064586666667, 0.39784 , 0.75 ], [ 0.39792 , 0.39784 , 0.75 ], [ 0.731253333333, 0.39784 , 0.75 ], [ 0.166666666667, 0.5 , 0.75 ], [ 0.5 , 0.5 , 0.75 ], [ 0.833333333333, 0.5 , 0.75 ], [ 0.166666666667, 0.79568 , 0.75 ], [ 0.5 , 0.79568 , 0.75 ], [ 0.833333333333, 0.79568 , 0.75 ], [ 0.268746666667, 0.89784 , 0.75 ], [ 0.60208 , 0.89784 , 0.75 ], [ 0.935413333333, 0.89784 , 0.75 ], [ 0.051040001667, 0.06450667 , 0.7567733325 ], [ 0.384373335 , 0.06450667 , 0.7567733325 ], [ 0.717706668333, 0.06450667 , 0.7567733325 ], [ 0.282293335 , 0.56450667 , 0.7567733325 ], [ 0.615626668333, 0.56450667 , 0.7567733325 ], [ 0.948960001667, 0.56450667 , 0.7567733325 ], [ 0.217706666667, 0.39784 , 0.82656 ], [ 0.55104 , 0.39784 , 0.82656 ], [ 0.884373333333, 0.39784 , 0.82656 ], [ 0.115626666667, 0.89784 , 0.82656 ], [ 0.44896 , 0.89784 , 0.82656 ], [ 0.782293333333, 0.89784 , 0.82656 ], [ 0.231253335 , 0.06450667 , 0.8333333325 ], [ 0.564586668333, 0.06450667 , 0.8333333325 ], [ 0.897920001667, 0.06450667 , 0.8333333325 ], [ 0.000000001667, 0.16666667 , 0.8333333325 ], [ 0.333333335 , 0.16666667 , 0.8333333325 ], [ 0.666666668333, 0.16666667 , 0.8333333325 ], [ 0.000000001667, 0.46234667 , 0.8333333325 ], [ 0.333333335 , 0.46234667 , 0.8333333325 ], [ 0.666666668333, 0.46234667 , 0.8333333325 ], [ 0.102080001667, 0.56450667 , 0.8333333325 ], [ 0.435413335 , 0.56450667 , 0.8333333325 ], [ 0.768746668333, 0.56450667 , 0.8333333325 ], [ 0.000000001667, 0.66666667 , 0.8333333325 ], [ 0.333333335 , 0.66666667 , 0.8333333325 ], [ 0.666666668333, 0.66666667 , 0.8333333325 ], [ 0.000000001667, 0.96234667 , 0.8333333325 ], [ 0.333333335 , 0.96234667 , 0.8333333325 ], [ 0.666666668333, 0.96234667 , 0.8333333325 ], [ 0.115626665 , 0.23117333 , 0.8401066675 ], [ 0.448959998333, 0.23117333 , 0.8401066675 ], [ 0.782293331667, 0.23117333 , 0.8401066675 ], [ 0.217706665 , 0.73117333 , 0.8401066675 ], [ 0.551039998333, 0.73117333 , 0.8401066675 ], [ 0.884373331667, 0.73117333 , 0.8401066675 ], [ 0.051040001667, 0.06450667 , 0.9098933325 ], [ 0.384373335 , 0.06450667 , 0.9098933325 ], [ 0.717706668333, 0.06450667 , 0.9098933325 ], [ 0.282293335 , 0.56450667 , 0.9098933325 ], [ 0.615626668333, 0.56450667 , 0.9098933325 ], [ 0.948960001667, 0.56450667 , 0.9098933325 ], [ 0.166666665 , 0.12901333 , 0.9166666675 ], [ 0.499999998333, 0.12901333 , 0.9166666675 ], [ 0.833333331667, 0.12901333 , 0.9166666675 ], [ 0.268746665 , 0.23117333 , 0.9166666675 ], [ 0.602079998333, 0.23117333 , 0.9166666675 ], [ 0.935413331667, 0.23117333 , 0.9166666675 ], [ 0.166666665 , 0.33333333 , 0.9166666675 ], [ 0.499999998333, 0.33333333 , 0.9166666675 ], [ 0.833333331667, 0.33333333 , 0.9166666675 ], [ 0.166666665 , 0.62901333 , 0.9166666675 ], [ 0.499999998333, 0.62901333 , 0.9166666675 ], [ 0.833333331667, 0.62901333 , 0.9166666675 ], [ 0.064586665 , 0.73117333 , 0.9166666675 ], [ 0.397919998333, 0.73117333 , 0.9166666675 ], [ 0.731253331667, 0.73117333 , 0.9166666675 ], [ 0.166666665 , 0.83333333 , 0.9166666675 ], [ 0.499999998333, 0.83333333 , 0.9166666675 ], [ 0.833333331667, 0.83333333 , 0.9166666675 ], [ 0.05104 , 0.39784 , 0.92344 ], [ 0.384373333333, 0.39784 , 0.92344 ], [ 0.717706666667, 0.39784 , 0.92344 ], [ 0.282293333333, 0.89784 , 0.92344 ], [ 0.615626666667, 0.89784 , 0.92344 ], [ 0.94896 , 0.89784 , 0.92344 ], [ 0.115626665 , 0.23117333 , 0.9932266675 ], [ 0.448959998333, 0.23117333 , 0.9932266675 ], [ 0.782293331667, 0.23117333 , 0.9932266675 ], [ 0.217706665 , 0.73117333 , 0.9932266675 ], [ 0.551039998333, 0.73117333 , 0.9932266675 ], [ 0.884373331667, 0.73117333 , 0.9932266675 ], [ 0. , 0. , 1. ], [ 0.333333333333, 0. , 1. ], [ 0.666666666667, 0. , 1. ], [ 0. , 0.29568 , 1. ], [ 0.333333333333, 0.29568 , 1. ], [ 0.666666666667, 0.29568 , 1. ], [ 0.231253333333, 0.39784 , 1. ], [ 0.564586666667, 0.39784 , 1. ], [ 0.89792 , 0.39784 , 1. ], [ 0. , 0.5 , 1. ], [ 0.333333333333, 0.5 , 1. ], [ 0.666666666667, 0.5 , 1. ], [ 0. , 0.79568 , 1. ], [ 0.333333333333, 0.79568 , 1. ], [ 0.666666666667, 0.79568 , 1. ], [ 0.10208 , 0.89784 , 1. ], [ 0.435413333333, 0.89784 , 1. ], [ 0.768746666667, 0.89784 , 1. ]] # Set up configuration bulk_configuration = BulkConfiguration( bravais_lattice=lattice, elements=elements, fractional_coordinates=fractional_coordinates ) # ------------------------------------------------------------- # Calculator # ------------------------------------------------------------- # Define the Matsui-potential for alumina. potentialSet = TremoloXPotentialSet(name = 'Matsui_AlO_1994') potentialSet.addParticleType(ParticleType(symbol='O', mass=15.9994 * atomic_mass_unit, charge=-0.945, sigma=None, sigma14=None, epsilon=None, epsilon14=None)) potentialSet.addParticleType(ParticleType(symbol='Al', mass=26.9815 * atomic_mass_unit, charge=1.4175, sigma=None, sigma14=None, epsilon=None, epsilon14=None)) potentialSet.addPotential(TosiFumiPotential(particleType1 = 'O', particleType2 = 'O', A = 0.0119684916*eV, B = 3.6231884058*1/Ang, C = 85.0924321807*Ang**6*eV, D = 0.0*Ang**8*eV, sigma = 3.643*Angstrom, r_i = 4.5*Angstrom, r_cut = 5.5*Angstrom)) potentialSet.addPotential(TosiFumiPotential(particleType1 = 'Al', particleType2 = 'O', A = 0.0074586252*eV, B = 5.81395348837*1/Ang, C = 34.5778981668*Ang**6*eV, D = 0.0*Ang**8*eV, sigma = 2.6067*Angstrom, r_i = 4.5*Angstrom, r_cut = 5.5*Angstrom)) potentialSet.addPotential(TosiFumiPotential(particleType1 = 'Al', particleType2 = 'Al', A = 0.0029487588*eV, B = 14.7058823529*1/Ang, C = 14.0509680002*Ang**6*eV, D = 0.0*Ang**8*eV, sigma = 1.5704*Angstrom, r_i = 4.5*Angstrom, r_cut = 5.5*Angstrom)) potentialSet.setCoulombSolver(CoulombSPME(r_cut=9.0*Angstrom, accuracy=1.0e-4)) calculator = TremoloXCalculator(parameters=potentialSet) bulk_configuration.setCalculator(calculator) bulk_configuration.update() # ------------------------------------------------------------- # Molecular Dynamics # ------------------------------------------------------------- initial_velocity = MaxwellBoltzmannDistribution( temperature=5000.0*Kelvin, remove_center_of_mass_momentum=True ) method = NVTNoseHoover( time_step=1*femtoSecond, reservoir_temperature=5000*Kelvin, thermostat_timescale=100*femtoSecond, heating_rate=-13.3333*Kelvin/picoSecond, chain_length=3, initial_velocity=initial_velocity ) md_trajectory = MolecularDynamics( bulk_configuration, constraints=[], trajectory_filename='AlOx_low_density_cool_traj.hdf5', steps=150000, log_interval=5000, method=method ) bulk_configuration = md_trajectory.lastImage() # Wrap the coordinates back inside the cell. wrap(bulk_configuration) # Now adjust the density to the target density of 3.175 g/cm**3 # Get the volume and the lattice vectors of the cell. V = bulk_configuration.bravaisLattice().unitCellVolume() lattice_vectors = bulk_configuration.bravaisLattice().primitiveVectors() # Get the coordinates and the elements. fractional_coordinates = bulk_configuration.fractionalCoordinates() elements = bulk_configuration.elements() # The total and species-resolved number of atoms. N = len(elements) N_Al = len(numpy.where(numpy.array(elements)==Aluminum)[0]) N_O = len(numpy.where(numpy.array(elements)==Oxygen)[0]) # Calculate the current density density = (N_Al*Aluminium.atomicMass() + N_O*Oxygen.atomicMass())/V # Get the density in g/cm**3 density = density.inUnitsOf(kiloGram/Meter**3)/1000.0 target_density = 3.175 # Calculate the scaling factor for the lattice vectors. scale_factor = (density/target_density)**(1.0/3) # Scale the lattice vectors. lattice_vectors = lattice_vectors*scale_factor # Define a new cell. new_lattice = UnitCell(lattice_vectors[0], lattice_vectors[1], lattice_vectors[2]) # Set up configuration bulk_configuration = BulkConfiguration( bravais_lattice=new_lattice, elements=elements, fractional_coordinates=fractional_coordinates ) # The calculator is still defined and can readily be attached. bulk_configuration.setCalculator(calculator) # ------------------------------------------------------------- # Molecular Dynamics # ------------------------------------------------------------- initial_velocity = MaxwellBoltzmannDistribution( temperature=3000.0*Kelvin, remove_center_of_mass_momentum=True ) method = NVTNoseHoover( time_step=1*femtoSecond, reservoir_temperature=3000*Kelvin, thermostat_timescale=100*femtoSecond, heating_rate=-9*Kelvin/picoSecond, chain_length=3, initial_velocity=initial_velocity ) md_trajectory = MolecularDynamics( bulk_configuration, constraints=[], trajectory_filename='AlOx_cool_to300K_traj.hdf5', steps=300000, log_interval=5000, method=method ) bulk_configuration = md_trajectory.lastImage()