# Import the wrap function. from NL.CommonConcepts.Configurations.Utilities import wrap # Set up lattice and scale the lattice constants with 1.1 vector_a = [15.345*1.1, 0.0, 0.0]*Angstrom vector_b = [0.0, 15.345*1.1, 0.0]*Angstrom vector_c = [0.0, 0.0, 15.345*1.1]*Angstrom lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c) # Define elements elements = [Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Hafnium, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen] # Define coordinates fractional_coordinates = [[ 0. , 0. , 0. ], [ 0. , 0. , 0.333333333333], [ 0. , 0. , 0.666666666667], [ 0. , 0.333333333333, 0. ], [ 0. , 0.333333333333, 0.333333333333], [ 0. , 0.333333333333, 0.666666666667], [ 0. , 0.666666666667, 0. ], [ 0. , 0.666666666667, 0.333333333333], [ 0. , 0.666666666667, 0.666666666667], [ 0.333333333333, 0. , 0. ], [ 0.333333333333, 0. , 0.333333333333], [ 0.333333333333, 0. , 0.666666666667], [ 0.333333333333, 0.333333333333, 0. ], [ 0.333333333333, 0.333333333333, 0.333333333333], [ 0.333333333333, 0.333333333333, 0.666666666667], [ 0.333333333333, 0.666666666667, 0. ], [ 0.333333333333, 0.666666666667, 0.333333333333], [ 0.333333333333, 0.666666666667, 0.666666666667], [ 0.666666666667, 0. , 0. ], [ 0.666666666667, 0. , 0.333333333333], [ 0.666666666667, 0. , 0.666666666667], [ 0.666666666667, 0.333333333333, 0. ], [ 0.666666666667, 0.333333333333, 0.333333333333], [ 0.666666666667, 0.333333333333, 0.666666666667], [ 0.666666666667, 0.666666666667, 0. ], [ 0.666666666667, 0.666666666667, 0.333333333333], [ 0.666666666667, 0.666666666667, 0.666666666667], [ 0.083333333333, 0.083333333333, 0.083333333333], [ 0.083333333333, 0.083333333333, 0.416666666667], [ 0.083333333333, 0.083333333333, 0.75 ], [ 0.083333333333, 0.416666666667, 0.083333333333], [ 0.083333333333, 0.416666666667, 0.416666666667], [ 0.083333333333, 0.416666666667, 0.75 ], [ 0.083333333333, 0.75 , 0.083333333333], [ 0.083333333333, 0.75 , 0.416666666667], [ 0.083333333333, 0.75 , 0.75 ], [ 0.416666666667, 0.083333333333, 0.083333333333], [ 0.416666666667, 0.083333333333, 0.416666666667], [ 0.416666666667, 0.083333333333, 0.75 ], [ 0.416666666667, 0.416666666667, 0.083333333333], [ 0.416666666667, 0.416666666667, 0.416666666667], [ 0.416666666667, 0.416666666667, 0.75 ], [ 0.416666666667, 0.75 , 0.083333333333], [ 0.416666666667, 0.75 , 0.416666666667], [ 0.416666666667, 0.75 , 0.75 ], [ 0.75 , 0.083333333333, 0.083333333333], [ 0.75 , 0.083333333333, 0.416666666667], [ 0.75 , 0.083333333333, 0.75 ], [ 0.75 , 0.416666666667, 0.083333333333], [ 0.75 , 0.416666666667, 0.416666666667], [ 0.75 , 0.416666666667, 0.75 ], [ 0.75 , 0.75 , 0.083333333333], [ 0.75 , 0.75 , 0.416666666667], [ 0.75 , 0.75 , 0.75 ], [ 0.25 , 0.25 , 0.25 ], [ 0.25 , 0.25 , 0.583333333333], [ 0.25 , 0.25 , 0.916666666667], [ 0.25 , 0.583333333333, 0.25 ], [ 0.25 , 0.583333333333, 0.583333333333], [ 0.25 , 0.583333333333, 0.916666666667], [ 0.25 , 0.916666666667, 0.25 ], [ 0.25 , 0.916666666667, 0.583333333333], [ 0.25 , 0.916666666667, 0.916666666667], [ 0.583333333333, 0.25 , 0.25 ], [ 0.583333333333, 0.25 , 0.583333333333], [ 0.583333333333, 0.25 , 0.916666666667], [ 0.583333333333, 0.583333333333, 0.25 ], [ 0.583333333333, 0.583333333333, 0.583333333333], [ 0.583333333333, 0.583333333333, 0.916666666667], [ 0.583333333333, 0.916666666667, 0.25 ], [ 0.583333333333, 0.916666666667, 0.583333333333], [ 0.583333333333, 0.916666666667, 0.916666666667], [ 0.916666666667, 0.25 , 0.25 ], [ 0.916666666667, 0.25 , 0.583333333333], [ 0.916666666667, 0.25 , 0.916666666667], [ 0.916666666667, 0.583333333333, 0.25 ], [ 0.916666666667, 0.583333333333, 0.583333333333], [ 0.916666666667, 0.583333333333, 0.916666666667], [ 0.916666666667, 0.916666666667, 0.25 ], [ 0.916666666667, 0.916666666667, 0.583333333333], [ 0.916666666667, 0.916666666667, 0.916666666667], [ 0.166666666667, 0.166666666667, 0. ], [ 0.166666666667, 0.166666666667, 0.333333333333], [ 0.166666666667, 0.166666666667, 0.666666666667], [ 0.166666666667, 0.5 , 0. ], [ 0.166666666667, 0.5 , 0.333333333333], [ 0.166666666667, 0.5 , 0.666666666667], [ 0.166666666667, 0.833333333333, 0. ], [ 0.166666666667, 0.833333333333, 0.333333333333], [ 0.166666666667, 0.833333333333, 0.666666666667], [ 0.5 , 0.166666666667, 0. ], [ 0.5 , 0.166666666667, 0.333333333333], [ 0.5 , 0.166666666667, 0.666666666667], [ 0.5 , 0.5 , 0. ], [ 0.5 , 0.5 , 0.333333333333], [ 0.5 , 0.5 , 0.666666666667], [ 0.5 , 0.833333333333, 0. ], [ 0.5 , 0.833333333333, 0.333333333333], [ 0.5 , 0.833333333333, 0.666666666667], [ 0.833333333333, 0.166666666667, 0. ], [ 0.833333333333, 0.166666666667, 0.333333333333], [ 0.833333333333, 0.166666666667, 0.666666666667], [ 0.833333333333, 0.5 , 0. ], [ 0.833333333333, 0.5 , 0.333333333333], [ 0.833333333333, 0.5 , 0.666666666667], [ 0.833333333333, 0.833333333333, 0. ], [ 0.833333333333, 0.833333333333, 0.333333333333], [ 0.833333333333, 0.833333333333, 0.666666666667], [ 0.25 , 0.25 , 0.083333333333], [ 0.25 , 0.25 , 0.416666666667], [ 0.25 , 0.25 , 0.75 ], [ 0.25 , 0.583333333333, 0.083333333333], [ 0.25 , 0.583333333333, 0.416666666667], [ 0.25 , 0.583333333333, 0.75 ], [ 0.25 , 0.916666666667, 0.083333333333], [ 0.25 , 0.916666666667, 0.416666666667], [ 0.25 , 0.916666666667, 0.75 ], [ 0.583333333333, 0.25 , 0.083333333333], [ 0.583333333333, 0.25 , 0.416666666667], [ 0.583333333333, 0.25 , 0.75 ], [ 0.583333333333, 0.583333333333, 0.083333333333], [ 0.583333333333, 0.583333333333, 0.416666666667], [ 0.583333333333, 0.583333333333, 0.75 ], [ 0.583333333333, 0.916666666667, 0.083333333333], [ 0.583333333333, 0.916666666667, 0.416666666667], [ 0.583333333333, 0.916666666667, 0.75 ], [ 0.916666666667, 0.25 , 0.083333333333], [ 0.916666666667, 0.25 , 0.416666666667], [ 0.916666666667, 0.25 , 0.75 ], [ 0.916666666667, 0.583333333333, 0.083333333333], [ 0.916666666667, 0.583333333333, 0.416666666667], [ 0.916666666667, 0.583333333333, 0.75 ], [ 0.916666666667, 0.916666666667, 0.083333333333], [ 0.916666666667, 0.916666666667, 0.416666666667], [ 0.916666666667, 0.916666666667, 0.75 ], [ 0.083333333333, 0.083333333333, 0.25 ], [ 0.083333333333, 0.083333333333, 0.583333333333], [ 0.083333333333, 0.083333333333, 0.916666666667], [ 0.083333333333, 0.416666666667, 0.25 ], [ 0.083333333333, 0.416666666667, 0.583333333333], [ 0.083333333333, 0.416666666667, 0.916666666667], [ 0.083333333333, 0.75 , 0.25 ], [ 0.083333333333, 0.75 , 0.583333333333], [ 0.083333333333, 0.75 , 0.916666666667], [ 0.416666666667, 0.083333333333, 0.25 ], [ 0.416666666667, 0.083333333333, 0.583333333333], [ 0.416666666667, 0.083333333333, 0.916666666667], [ 0.416666666667, 0.416666666667, 0.25 ], [ 0.416666666667, 0.416666666667, 0.583333333333], [ 0.416666666667, 0.416666666667, 0.916666666667], [ 0.416666666667, 0.75 , 0.25 ], [ 0.416666666667, 0.75 , 0.583333333333], [ 0.416666666667, 0.75 , 0.916666666667], [ 0.75 , 0.083333333333, 0.25 ], [ 0.75 , 0.083333333333, 0.583333333333], [ 0.75 , 0.083333333333, 0.916666666667], [ 0.75 , 0.416666666667, 0.25 ], [ 0.75 , 0.416666666667, 0.583333333333], [ 0.75 , 0.416666666667, 0.916666666667], [ 0.75 , 0.75 , 0.25 ], [ 0.75 , 0.75 , 0.583333333333], [ 0.75 , 0.75 , 0.916666666667], [ 0.166666666667, 0. , 0.166666666667], [ 0.166666666667, 0. , 0.5 ], [ 0.166666666667, 0. , 0.833333333333], [ 0.166666666667, 0.333333333333, 0.166666666667], [ 0.166666666667, 0.333333333333, 0.5 ], [ 0.166666666667, 0.333333333333, 0.833333333333], [ 0.166666666667, 0.666666666667, 0.166666666667], [ 0.166666666667, 0.666666666667, 0.5 ], [ 0.166666666667, 0.666666666667, 0.833333333333], [ 0.5 , 0. , 0.166666666667], [ 0.5 , 0. , 0.5 ], [ 0.5 , 0. , 0.833333333333], [ 0.5 , 0.333333333333, 0.166666666667], [ 0.5 , 0.333333333333, 0.5 ], [ 0.5 , 0.333333333333, 0.833333333333], [ 0.5 , 0.666666666667, 0.166666666667], [ 0.5 , 0.666666666667, 0.5 ], [ 0.5 , 0.666666666667, 0.833333333333], [ 0.833333333333, 0. , 0.166666666667], [ 0.833333333333, 0. , 0.5 ], [ 0.833333333333, 0. , 0.833333333333], [ 0.833333333333, 0.333333333333, 0.166666666667], [ 0.833333333333, 0.333333333333, 0.5 ], [ 0.833333333333, 0.333333333333, 0.833333333333], [ 0.833333333333, 0.666666666667, 0.166666666667], [ 0.833333333333, 0.666666666667, 0.5 ], [ 0.833333333333, 0.666666666667, 0.833333333333], [ 0.25 , 0.083333333333, 0.25 ], [ 0.25 , 0.083333333333, 0.583333333333], [ 0.25 , 0.083333333333, 0.916666666667], [ 0.25 , 0.416666666667, 0.25 ], [ 0.25 , 0.416666666667, 0.583333333333], [ 0.25 , 0.416666666667, 0.916666666667], [ 0.25 , 0.75 , 0.25 ], [ 0.25 , 0.75 , 0.583333333333], [ 0.25 , 0.75 , 0.916666666667], [ 0.583333333333, 0.083333333333, 0.25 ], [ 0.583333333333, 0.083333333333, 0.583333333333], [ 0.583333333333, 0.083333333333, 0.916666666667], [ 0.583333333333, 0.416666666667, 0.25 ], [ 0.583333333333, 0.416666666667, 0.583333333333], [ 0.583333333333, 0.416666666667, 0.916666666667], [ 0.583333333333, 0.75 , 0.25 ], [ 0.583333333333, 0.75 , 0.583333333333], [ 0.583333333333, 0.75 , 0.916666666667], [ 0.916666666667, 0.083333333333, 0.25 ], [ 0.916666666667, 0.083333333333, 0.583333333333], [ 0.916666666667, 0.083333333333, 0.916666666667], [ 0.916666666667, 0.416666666667, 0.25 ], [ 0.916666666667, 0.416666666667, 0.583333333333], [ 0.916666666667, 0.416666666667, 0.916666666667], [ 0.916666666667, 0.75 , 0.25 ], [ 0.916666666667, 0.75 , 0.583333333333], [ 0.916666666667, 0.75 , 0.916666666667], [ 0.083333333333, 0.25 , 0.083333333333], [ 0.083333333333, 0.25 , 0.416666666667], [ 0.083333333333, 0.25 , 0.75 ], [ 0.083333333333, 0.583333333333, 0.083333333333], [ 0.083333333333, 0.583333333333, 0.416666666667], [ 0.083333333333, 0.583333333333, 0.75 ], [ 0.083333333333, 0.916666666667, 0.083333333333], [ 0.083333333333, 0.916666666667, 0.416666666667], [ 0.083333333333, 0.916666666667, 0.75 ], [ 0.416666666667, 0.25 , 0.083333333333], [ 0.416666666667, 0.25 , 0.416666666667], [ 0.416666666667, 0.25 , 0.75 ], [ 0.416666666667, 0.583333333333, 0.083333333333], [ 0.416666666667, 0.583333333333, 0.416666666667], [ 0.416666666667, 0.583333333333, 0.75 ], [ 0.416666666667, 0.916666666667, 0.083333333333], [ 0.416666666667, 0.916666666667, 0.416666666667], [ 0.416666666667, 0.916666666667, 0.75 ], [ 0.75 , 0.25 , 0.083333333333], [ 0.75 , 0.25 , 0.416666666667], [ 0.75 , 0.25 , 0.75 ], [ 0.75 , 0.583333333333, 0.083333333333], [ 0.75 , 0.583333333333, 0.416666666667], [ 0.75 , 0.583333333333, 0.75 ], [ 0.75 , 0.916666666667, 0.083333333333], [ 0.75 , 0.916666666667, 0.416666666667], [ 0.75 , 0.916666666667, 0.75 ], [ 0. , 0.166666666667, 0.166666666667], [ 0. , 0.166666666667, 0.5 ], [ 0. , 0.166666666667, 0.833333333333], [ 0. , 0.5 , 0.166666666667], [ 0. , 0.5 , 0.5 ], [ 0. , 0.5 , 0.833333333333], [ 0. , 0.833333333333, 0.166666666667], [ 0. , 0.833333333333, 0.5 ], [ 0. , 0.833333333333, 0.833333333333], [ 0.333333333333, 0.166666666667, 0.166666666667], [ 0.333333333333, 0.166666666667, 0.5 ], [ 0.333333333333, 0.166666666667, 0.833333333333], [ 0.333333333333, 0.5 , 0.166666666667], [ 0.333333333333, 0.5 , 0.5 ], [ 0.333333333333, 0.5 , 0.833333333333], [ 0.333333333333, 0.833333333333, 0.166666666667], [ 0.333333333333, 0.833333333333, 0.5 ], [ 0.333333333333, 0.833333333333, 0.833333333333], [ 0.666666666667, 0.166666666667, 0.166666666667], [ 0.666666666667, 0.166666666667, 0.5 ], [ 0.666666666667, 0.166666666667, 0.833333333333], [ 0.666666666667, 0.5 , 0.166666666667], [ 0.666666666667, 0.5 , 0.5 ], [ 0.666666666667, 0.5 , 0.833333333333], [ 0.666666666667, 0.833333333333, 0.166666666667], [ 0.666666666667, 0.833333333333, 0.5 ], [ 0.666666666667, 0.833333333333, 0.833333333333], [ 0.083333333333, 0.25 , 0.25 ], [ 0.083333333333, 0.25 , 0.583333333333], [ 0.083333333333, 0.25 , 0.916666666667], [ 0.083333333333, 0.583333333333, 0.25 ], [ 0.083333333333, 0.583333333333, 0.583333333333], [ 0.083333333333, 0.583333333333, 0.916666666667], [ 0.083333333333, 0.916666666667, 0.25 ], [ 0.083333333333, 0.916666666667, 0.583333333333], [ 0.083333333333, 0.916666666667, 0.916666666667], [ 0.416666666667, 0.25 , 0.25 ], [ 0.416666666667, 0.25 , 0.583333333333], [ 0.416666666667, 0.25 , 0.916666666667], [ 0.416666666667, 0.583333333333, 0.25 ], [ 0.416666666667, 0.583333333333, 0.583333333333], [ 0.416666666667, 0.583333333333, 0.916666666667], [ 0.416666666667, 0.916666666667, 0.25 ], [ 0.416666666667, 0.916666666667, 0.583333333333], [ 0.416666666667, 0.916666666667, 0.916666666667], [ 0.75 , 0.25 , 0.25 ], [ 0.75 , 0.25 , 0.583333333333], [ 0.75 , 0.25 , 0.916666666667], [ 0.75 , 0.583333333333, 0.25 ], [ 0.75 , 0.583333333333, 0.583333333333], [ 0.75 , 0.583333333333, 0.916666666667], [ 0.75 , 0.916666666667, 0.25 ], [ 0.75 , 0.916666666667, 0.583333333333], [ 0.75 , 0.916666666667, 0.916666666667], [ 0.25 , 0.083333333333, 0.083333333333], [ 0.25 , 0.083333333333, 0.416666666667], [ 0.25 , 0.083333333333, 0.75 ], [ 0.25 , 0.416666666667, 0.083333333333], [ 0.25 , 0.416666666667, 0.416666666667], [ 0.25 , 0.416666666667, 0.75 ], [ 0.25 , 0.75 , 0.083333333333], [ 0.25 , 0.75 , 0.416666666667], [ 0.25 , 0.75 , 0.75 ], [ 0.583333333333, 0.083333333333, 0.083333333333], [ 0.583333333333, 0.083333333333, 0.416666666667], [ 0.583333333333, 0.083333333333, 0.75 ], [ 0.583333333333, 0.416666666667, 0.083333333333], [ 0.583333333333, 0.416666666667, 0.416666666667], [ 0.583333333333, 0.416666666667, 0.75 ], [ 0.583333333333, 0.75 , 0.083333333333], [ 0.583333333333, 0.75 , 0.416666666667], [ 0.583333333333, 0.75 , 0.75 ], [ 0.916666666667, 0.083333333333, 0.083333333333], [ 0.916666666667, 0.083333333333, 0.416666666667], [ 0.916666666667, 0.083333333333, 0.75 ], [ 0.916666666667, 0.416666666667, 0.083333333333], [ 0.916666666667, 0.416666666667, 0.416666666667], [ 0.916666666667, 0.416666666667, 0.75 ], [ 0.916666666667, 0.75 , 0.083333333333], [ 0.916666666667, 0.75 , 0.416666666667], [ 0.916666666667, 0.75 , 0.75 ]] # Set up configuration bulk_configuration = BulkConfiguration( bravais_lattice=lattice, elements=elements, fractional_coordinates=fractional_coordinates ) # ------------------------------------------------------------- # Calculator # ------------------------------------------------------------- potentialSet = Wang_HfOZr_2012() calculator = TremoloXCalculator(parameters=potentialSet) bulk_configuration.setCalculator(calculator) bulk_configuration.update() # ------------------------------------------------------------- # Molecular Dynamics # ------------------------------------------------------------- initial_velocity = MaxwellBoltzmannDistribution( temperature=5000.0*Kelvin, remove_center_of_mass_momentum=True ) method = NVTNoseHoover( time_step=1*femtoSecond, reservoir_temperature=5000*Kelvin, thermostat_timescale=100*femtoSecond, heating_rate=-13.3333*Kelvin/picoSecond, chain_length=3, initial_velocity=initial_velocity ) md_trajectory = MolecularDynamics( bulk_configuration, constraints=[], trajectory_filename='HfOx_low_density_cool_traj.hdf5', steps=150000, log_interval=5000, method=method ) bulk_configuration = md_trajectory.lastImage() # Wrap the coordinates back inside the cell. wrap(bulk_configuration) # Now adjust the density to the target density of 7.97 g/cm**3 # Get the volume and the lattice vectors of the cell. V = bulk_configuration.bravaisLattice().unitCellVolume() lattice_vectors = bulk_configuration.bravaisLattice().primitiveVectors() # Get the coordinates and the elements. fractional_coordinates = bulk_configuration.fractionalCoordinates() elements = bulk_configuration.elements() # The total and species-resolved number of atoms. N = len(elements) N_Hf = len(numpy.where(numpy.array(elements)==Hafnium)[0]) N_O = len(numpy.where(numpy.array(elements)==Oxygen)[0]) # Calculate the current density density = (N_Hf*Hafnium.atomicMass() + N_O*Oxygen.atomicMass())/V # Get the density in g/cm**3 density = density.inUnitsOf(kiloGram/Meter**3)/1000.0 target_density = 7.97 # Calculate the scaling factor for the lattice vectors. scale_factor = (density/target_density)**(1.0/3) # Scale the lattice vectors. lattice_vectors = lattice_vectors*scale_factor # Define a new cell. new_lattice = UnitCell(lattice_vectors[0], lattice_vectors[1], lattice_vectors[2]) # Set up configuration bulk_configuration = BulkConfiguration( bravais_lattice=new_lattice, elements=elements, fractional_coordinates=fractional_coordinates ) # The calculator is still defined and can readily be attached. bulk_configuration.setCalculator(calculator) # ------------------------------------------------------------- # Molecular Dynamics # ------------------------------------------------------------- initial_velocity = MaxwellBoltzmannDistribution( temperature=3000.0*Kelvin, remove_center_of_mass_momentum=True ) method = NVTNoseHoover( time_step=1*femtoSecond, reservoir_temperature=3000*Kelvin, thermostat_timescale=100*femtoSecond, heating_rate=-9*Kelvin/picoSecond, chain_length=3, initial_velocity=initial_velocity ) md_trajectory = MolecularDynamics( bulk_configuration, constraints=[], trajectory_filename='HfOx_cool_to300K_traj.hdf5', steps=300000, log_interval=5000, method=method ) bulk_configuration = md_trajectory.lastImage()